住宅ローン控除の適用を受けるため、ローンを借りた初年度は自ら確定申告をする必要があります。たとえば2023年中に住宅ローンを借りたのなら、2024年の2～3月の確定申告期間中に、ローン控除申請の手続きを含めた確定申告をやる。
その確定申告をe-Taxにて行う際に「控除証明書について、電子情報処理組織（e-Tax）による交付を希望する」という欄を選択していると、翌年から電子証明書の交付のみとなります。つまり、物理的な書類（紙）が郵送されてくることはありません。
※e-Taxは非常に便利で簡単なので、確定申告は原則としてe-Tax利用をおすすめします。マイナカードとスマホがあれば、誰でも自宅にいながら楽に確定申告が出来ます。税務署にわざわざ行く必要はありません。確定申告をやったことのない方は「確定申告は難しくてよく分からない」というイメージを抱いているかと思いますが、実際やってみるととても簡単です。指示通りに数字を入力していくだけです。
２年目以降のローン控除を会社の年末調整でやってもらうには？
さて、そうなると困るのが２年目以降の住宅ローン控除の手続きについて。自営業の方など、毎年自分でスマホなどを使ってe-Taxにて確定申告する人ならば「電子証明書の交付のみ」でいいのですが、普通の会社員の方などが勤務先の年末調整でローン控除の事務処理をしてもらうにはどうしたらいいのでしょうか？ 物理的な書類が税務署から送られてきてないのに、何を勤務先に提出したらいいのか…と思いますよね？
調べたところ、
住宅借入金等特別控除証明書の電子交付を受けた方
年末調整で（特定増改築等）住宅借入金等特別控除の適用を受ける方へ｜国税庁
令和3年中に、新築や購入した家屋又は増改築等をした部分を自己の居住の用に供した方で、令和3年分の申告で（特定増改築等）住宅借入金等特別控除の適用を受けた方が、令和4年分以降、年末調整で住宅借入金等特別控除の適用を受ける場合は、電子交付された住宅借入金等特別控除証明書のデータをダウンロードし、住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書のデータ（又は、書面）とあわせて給与の支払者に提出してください。
なお、給与の支払者が電子データの提出を受付できず、書面でしか受領できない場合は、QRコード付証明書等作成システムを利用して、書面で出力して提出してください。
https://www.nta.go.jp/publication/pamph/shotoku/jukari/index.htm
上記のような手段で勤務先に提出すればいいようです。
つまり、電子交付されたデータファイルそのものを提出するか（提出方法は会社によって違うでしょう）、あるいはQRコード付証明書等作成システムなるものを利用して書面としてプリントアウトするか。
もしかしたら会社の事務担当者がITに詳しくない場合など、いまだに電子データというだけでもう条件反射で拒否反応を示して事務処理を受け付けてくれない会社もあるかもしれません。しかし、それでも上述のように書面で出力することも出来るようなので安心ですね。
最悪、自分で確定申告すれば良い
もし万が一、その書面すら「前例にない」などと眠たいことを言われて年末調整でローン控除の計算をしてくれなかった場合は、年明けの2～3月に自分で確定申告すれば結果は同じです。とにかく毎年確実にローン控除（減税）を受けられるように、忘れずに手続きをしましょう。ただ、普通は会社で年末調整する義務があるはずなので、会社の担当者がやってくれない場合はきちんと説明するなり税務署に問い合わせるなりしましょう。
繰上返済はローン控除額にも影響するので注意！
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